北京时间6月11日，根据国内篮球记者朱怡透露，周琦已向CBA联盟申请调解与新疆队合同争议问题，且联盟已受理。

朱怡在社媒表示：“这两天周琦和新疆队的事情大家应该都有所耳闻，据我了解，其实周琦团队在赛季结束之后就向CBA联盟提交了争议调解申请，希望CBA联盟出面帮忙调解问题，双方争议的焦点是关于他们认为新疆队在合同的签订和履行方面存在违约和失信行为。目前CBA联盟也已经受理了该项调节申请。

6月13日，中国男篮就要出发菲律宾，参加亚洲杯预选赛，易建联、郭艾伦和王哲林无奈的告别，周琦在这一届男篮需要挑起的重任不言而喻，大家一起好好的化解矛盾，解决问题才是上策呀～”

周琦2020-2021赛季常规赛场均出场33分钟，得到20.8分11.9篮板2.7助攻1.1抢断2.2盖帽。本赛季结束后B类合同到期，按照CBA现行管理规定，若新疆对周琦行使顶薪独家签约权，球员必须与原俱乐部续约。

据报道，新疆队已经准备为周琦提供600万元顶薪合同，不考虑交易。